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花生全基因组分子标记数据库
发布时间:2020-12-25

花生全基因组分子标记数据库简介:

花生全基因组分子标记数据库由山东省农业科学院生物技术研究中心王兴军研究团队牵头创建,是一个花生分子标记信息查询、共享与利用的网站平台。

分子标记是研究作物遗传多样性、构建遗传连锁图谱、进行QTL和基因和分子育种的基础。花生是我国重要的油料作物和经济作物。最近二十年,花生的基因组学取得了巨大的进步,特别是花生野生种和栽培种基因组测序的完成,为通过分子育种手段培育高产、优质、广适的花生新品种奠定了基础。我们利用野生种全基因组序列,开发了11.1万个基因组SSR标记;此后,利用花生栽培种全基因组信息,又开发了7757个高质量的SSR标记,这些标记在栽培种Tifrunner、狮头企和野生祖先种中具有多态性,且绝大部分标记在花生AB亚基因组中是特异的。本数据库为花生全基因组SSR数据库,本数据库包含了SSR标记在染色体上的位置、引物序列、退火温度、扩增产物长度等信息,希望为国内外花生同行提供帮助,希望国内外同行对本数据库提出宝贵建议。

 

标记信息如下:

附件1:源于花生祖先种A. duranesis的全基因组SSR分子标记信息

附件1-源于花生祖先种A. duranesis的全基因组SSR分子标记信息

附件2:源于花生祖先种A. ipanesis的全基因组SSR分子标记信息

附件2-源于花生祖先种A. ipaensis的全基因组SSR分子标记信息

附件3:源于花生栽培种Tifrunner的全基因组SSR分子标记信息

附件3-源于花生栽培种Tifrunner的全基因组SSR分子标记信息

 

其他信息:

本数据库中公布的大部分分子标记已经在如下文章中共开发发表,如果需要了解这些标记的原始信息和来源,可以查阅以下文章,或者联系数据库的管理员。

[1]    Chuanzhi Zhao, Jingjing Qiu, Gaurav Agarwal, Jiangshan Wang, Xuezhen Ren, Han Xia, Baozhu Guo, Changle Ma, Shubo Wan, David J. Bertioli, Rajeev K. Varshney, Manish K. Pandey*, Xingjun Wang* Genome-wide Discovery of Microsatellite Markers from Diploid Progenitor Species, Arachis duranensis and A. ipaensis, and their Application in Cultivated Peanut (A. hypogaea). Frontiers in Plant Science, 2017, 8:1209.

[2]    Junjie Ma, Yuhan Zhao, Hua Chen, Chun Fu, Lin Zhu, Ximeng Zhou, Han Xia, Lei Hou, Guanghui Li, Weijian Zhuang, Xingjun Wang*, Chuanzhi Zhao*. Genome-wide development of polymorphic microsatellite markers and their application in peanut breeding program. Electronic Journal of Biotechnology, 2020,4:25-32.

[3]    Ruichun Zhong, Meili Zhou, Chuanzhi Zhao, Lei Hou, Changsheng Li, Xingjun Wang, Ronghua Tang, Han Xia*. SSR marker development from peanut gynophore transcriptome sequencing. Plant Breeding, 2016, 135(1), 111-117.

[4]    Shuzhen Zhao, Aiqin Li, Changsheng Li, Han Xia, Chuanzhi Zhao, Ye Zhang, Lei Hou, Xingjun Wang*. Development and application of KASP markers for high throughput detection of AhFAD2 mutation in peanut, Electronic Journal of Biotechnology, 2017, 25:9-12.

[5]    Guoqi Song, Mengjun Li, Xingjun Wang*, Lei Su, Han Xia, Chuanzhi Zhao, Yuping Bi. EST sequencing and SSR maker Development of Peanut (Arachis hypogaea), Electronic Journal of Biotechnology, 2010, 13(2): 1-6.

 

    数据库管理员信息:

姓名:赵传志

邮箱:chuanzhiz@126.com

电话:053166659042


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